Pegawai-pegawai Hauptamt II dibawah Viktor Brack memainkan satu peranan penting dalam mengatur pembunuhan orang cacat fizikal atau mental dalam program "euthanasia" Action T4 , terutamanya kanak-kanak "euthanasia" dari tahun 1939. Dengan perintah 1 September, Hitler melantik Bouhler dan doktor peribadinya Karl Brandt sebagai pesuruhjaya "euthanasia".[5] Untuk melaksanakan deportasi, Gemeinnützige Krankentransport GmbH iaitu organisasi penyamaran telah ditubuhkan, berpusat di Tiergartenstraße No. 4. Ramai pekerja kemudian menyertai Operasi Reinhard yang melaksanakan pembunuhan dibawah Odilo Globocnik dalam Kerajaan Am Poland.